Vlaj je bil zagovornik ustanovitve pokrajin in je opozarjal na potrebo po sprejetju strategije razvoja lokalne samouprave, med drugim kot član strateškega sveta za decentralizacijo in regionalizacijo.

Pred upokojitvijo leta 2006 je bil zaposlen kot univerzitetni učitelj in direktor Inštituta za lokalno samoupravo na Fakulteti za upravo. A tudi potem se poučevanju ni odrekel in je na Fakulteti za državne in evropske študije prevzel predmet samouprava lokalnih skupnosti.

Sodeloval tudi na evropski ravni

Sodeloval je tudi v strokovnih skupinah na evropski ravni. Leta 2002 ga je Kongres lokalnih in regionalnih oblasti Evrope imenoval v Skupino neodvisnih strokovnjakov za uresničevanje Evropske listine lokalne samouprave.

Več kot desetletje je sodeloval z Mednarodnim inštitutom za bližnjevzhodne in balkanske študije (IFIMES) in bil je vodja IFIMES oddelka za lokalne in regijske študije. Kot izjemnega sodelavca, strokovnjaka in prijatelja pa se ga spominjajo tudi v Skupnosti občin Slovenije, katere častni član je bil.